Mysterious skin to opowieść o dwóch chłopcach - ekstrawertyku, który posiada psychiczną blokadę, przez co nie pamięta kilkunastu godzin ze swojego życia,tłumacząc ową amnezję porwaniem przez obcych, oraz introwertyku, który był w pełni świadomy tego co się dzieje i czynnie brał w tym udział w konsekwencji czego został męską dziwką. Film traktuje o molestwaniu seksualnym dzieci w sposób nietypowy - widzimy dziecko nie tylko z pozycji ofiary, ale także kata.